回军自同、西二府失败以后，分两路撤退，一路经礼泉、乾州而达州；另一路经兴平、户县而达周至。后一路希望与入陕的太平军及捻军联合，没有成功。所以最后都到了甘肃陇东的董志原。 同年回民马占鳌、马桂源、马文禄等各自在甘肃境内起兵，哲合忍耶派教主马化龙也在金积堡起兵。

陕西回民起义前后，曾派人前往甘肃，联络各地回民，共谋起事。等到陕西回民起义发展到陕甘边境时，甘肃各地回民即纷纷起事响应。在很短时间内，起义就扩展到甘肃全境，当时甘肃管辖现在的宁夏。1862年9月，为了呼应陕西回民，宁夏同心城回民反叛，对宁夏汉人展开了血腥屠亣杀，随后联系哲赫忍耶总教主马化龙在金积堡反清。1862年，伊斯兰教哲合忍耶总教主马化龙，以总大阿訇的身份在宁夏响应陕西回民，宁夏回族杀死地方政府官员，对汉人展开了血腥屠杀。1862年11月，回民军将领穆生华率部在秦安酸茨坡击败清军，斩秦州知府托克清阿；回族起事后，大量汉族从乡间逃入有清军和民团防守的城市逃避杀戮。1863年正月，回军攻陷固原城，“城内官民男妇共死者二十余万人”。马化龙率部于1863年4月攻克靖远，杀10万人；1863年7月，马化龙诈降清军，骗开城门克宁夏府、灵州，人口损失140万。

1863年8月，回军攻陷平凉府城，“官员死节者百余，士民死者数十万”。1863年10月，回军在宁夏府城屠城，“汉族十余万被屠殆尽”。同月马化龙的回军进攻灵州城，有城内回族作内应而攻陷灵州城，“屠戮二万余人”。同年巩昌府“城内回族二千余人，俱为汉族杀尽”。1864年二月，回军攻陷渭源县城，“屠毒生灵以数万计，满城官员皆死之”。

1864年初，陕西回民军陆续进入甘肃，甘肃回民起义的声势更加壮大。清统治者惊呼：“现在甘肃之平凉、静宁、隆德、安定（今定西），省南之巩昌（今陇西）、秦州（今天水市）、伏羌（今甘谷）、清水，省北之宁夏（今宁夏银川市）、平罗、灵州（今宁夏灵武）、固原，莫不揭竿而起，蜂屯蚁聚，滋蔓难图，绵延地方数千里”。

民族英雄多隆阿战死后，清军丧失了主帅，不能锐意西进，减轻了对甘肃回民军和已经进入甘肃的陕西回民军的压力。1864年5月、6月间，清政府调福建水师提督杨岳斌充任陕甘总督接手镇压回乱，此人在中法战争中，率湘西苗兵协助左宗棠作战，每战必身先士卒。光绪年间，时任陕甘总督杨岳斌奉旨主持台湾军务，率水师横渡台海，勇猛作战，击败法军，收复宝岛台湾。这都是后话，以后小编会撰文写关于他的事。

刘蓉督办陕西军务，都兴阿督办甘肃军务。陕西提督雷正绾帮办甘肃军务，率同甘肃提督陶茂林及总兵曹克忠等“专讨”甘肃回民军。

1864年清军攻陷回民武装占领的固原、盐茶厅（今宁夏海原）、平凉等地，但回军的实力却未受到大的损失。陕西、甘肃回民军互相配合，几次打败进剿的清军。